細菌の命名は「国際原核生物命名規約」に従って行われます。この規約は「国際微生物連合」の「国際原核生物命名委員会」によって定められたもので、公式出版物である「International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology」に掲載されるか承認されたものだけが分類名として認められます。
　属名、種名など分類学的な位置を示す学名はラテン語またはラテン語化した語でなくてはならず、属名と種形容語には語源の説明を付けることになっています。種形容語は一般には種の性状または由来を表すような語が付けられます。Lactobacillus は乳を表すLactoと桿菌を表すbacillusの合成語で、casei はチーズを表しています。
　また、属名や種名などはその菌の発見者や、細菌学に貢献した研究者の名前に由来することが多くあります。赤痢菌の標準菌種（type species）は分類学的にShigella dysenteriae （シゲラ ディセンテリー）（Shiga 1897）Castellani and Chalmers 1919（Approved Lists 1980）と表記されますが、属名のShigella は1897年にこの菌を発見した滋賀潔にちなんだもので、1919年にCastellani（カステラ―ニ）とChalmers（チャルマーズ）によって命名され、1980年に国際微生物連合によって正式に承認されたということがわかります。