上部消化管とは、口から肛門まで一本につながっている消化管の中で、口から十二指腸までの部分を指します。主に食物の消化を助ける働きを担い、小腸や大腸（下部消化管）での栄養吸収を可能にしています。

　口の中では食物を物理的に噛み砕いて小さくするとともに、唾液中の消化酵素アミラーゼにより糖質を分解して体内に吸収しやすくします。胃においては、消化酵素ペプシンと強力な酸性の胃酸によって、食物を粥状にし、食物と共に入ってきた微生物を殺菌します。十二指腸ではさまざまなホルモンを分泌することで、胆嚢から胆汁、膵臓から膵液の分泌を促し、さらなる消化の助け、胃酸の分泌抑制や中和などを行っています。

　近年、上部消化管において "胃ではたらく"プロバイオティクスについての研究が進み、今後、プロバイオティクスの効果は消化管全体にまで広がっていくことが期待されます。

（2023年4月時点）