マイクロバイオームは、土壌や腸内といった特定の環境に生息する微生物の集団全体とそのゲノム情報を指す言葉であると定義されています。
よく似た言葉に「腸内フローラ」がありますが、「腸内フローラ」が主に腸の中の細菌（乳酸菌やビフィズス菌など）といった一部の集団を対象とするのに対して、「マイクロバイオーム」は細菌だけではなく真菌（カビのなかま）、古細菌、バクテリオファージ（細菌にのみ感染するウイルス）なども含めた、大きな生物集団を対象にしています。
　2000年代後半に登場した次世代シークエンサーと呼ばれる遺伝子解析装置により、以前のように細菌を培養することなく、微生物集団全体の遺伝子を一度にまとめてとらえることができるようになりました。こうした測定技術の進歩により、昨今では微生物集団全体のゲノム情報を余すことなく研究することのできるマイクロバイオーム研究が盛んに行われるようになってきています。

【参考文献】
　1. Turnbaugh, P. J. et al. The Human Microbiome Project. Nature. 2007 Oct 18;449 804-10.
　2. Ursell, L. K. et al. Defining the human microbiome. Nutr Rev. 2012 Aug;70 Suppl S38-44.

（2023年4月時点）