種多様性とは、ある環境下に存在する生物の種類の豊富さを数値化して表現したものです。腸内細菌研究分野では、試料に含まれる菌種の数、菌種の構成比率にどれだけ偏りがあるのかを示したShannon指数、および菌種の系統関係（遺伝子情報をもとにした類縁性）がどれだけ複雑かを示したPD（Phylogenetic diversity）指数などが、種多様性の指標としてよく用いられます。腸内細菌の種多様性は、宿主の加齢や食生活の変化、心理的ストレスなど、さまざまな要因の影響を受けることがわかってきました。疾病との関連も指摘されており、潰瘍性大腸炎や大腸がんなどの患者で腸内細菌の種多様性が低下することが明らかになっています。また、プロバイオティクスの摂取により腸内細菌の種多様性の低下および腸炎の悪化が抑制されることも報告されています。このように、腸内細菌の種多様性は個々の腸内細菌叢の特性を表す指標として利用されています。

（2023年4月時点）