クラスターは、「房」「集団」「群れ」を意味します。クラスター解析とは、異なる性質を示す因子が混ざり合った集団の中から、互いに似た性質のものを集めて小集団（クラスター）を作り、クラスターを性質ごとに分類する方法です。具体的には、まず、データをもとに個々のサンプル間の類似度を計算し、類似性の高いサンプルをまとめてクラスターを形成します。さらに、クラスター間の類似度を計算して、クラスターごとに性質が似ているのか、性質が似ていない場合はどれくらい違うのか、類似性の観点からクラスターを分類します。
　例えば、ある集団の腸内細菌叢のデータがあるとします。それぞれの人の腸内細菌叢は個人差がありますが、クラスター解析を行うことにより、どの人とどの人が類似した腸内細菌叢を有しているかが明らかとなります。このように、クラスター解析は腸内細菌叢の分析に頻繁に使用される方法です。

（2023年4月時点）