Fluorescence in situ hybridization法（FISH法）は、蛍光物質をつけたプローブ（標的遺伝子と相補的な塩基配列を有する合成遺伝子）を標的遺伝子と結合させ、蛍光顕微鏡下で可視化する手法です。細菌学分野では、90年代以降、遺伝子情報が公共データベース上に蓄積され、その塩基配列を比較することによって、菌種や菌属などの標的に合わせた種々のプローブが開発されました。FISH法は、プローブと蛍光標識の組み合わせによって、同一視野で複数種の細菌を検出できること（多重染色FISH法と呼ばれる）が特長です。バイオフィルムを形成する細菌、大腸組織の粘膜表面、糞便中のある種の物質に付着する細菌など、特定の場所における細菌の数や種類を解析する手法として適しています。また、FISH法は、他の分子生物学的手法（細菌の遺伝子を利用する検出手法の総称）と同様に培養操作を伴わないため、遺伝子情報さえ入手できれば、今まで培養されたことがない細菌でも検出することが可能です。

（2023年4月時点）