炎症性腸疾患(inflammatory bowel disease: IBD)には、潰瘍性大腸炎(ulcerative colitis: UC)とクローン病 (Crohn's disease: CD)があり、いずれも、再燃と緩解を繰り返す、下痢、血便や腹痛を伴った難治性の慢性炎症疾患で国の難病（特定疾患）に指定されています。UCは大腸で発症し、CDは消化管全域において発症します。本症の原因は不明ですが、遺伝子的な素因によって、通常の腸内細菌に対して異常な免疫応答を示すことが病態発症につながることが推定されています。治療法には、生活指導、食事療法、アミノサリチル酸製剤やステロイド剤、免疫抑制剤などの薬物療法が挙げられます。

　無菌条件下で飼育した動物モデルでは、IBD様腸炎が発症しないことなど、IBDの発症・進展に腸内細菌の存在が重要であることが明らかになりつつあり、プロバイオティクス等腸内細菌をターゲットとした疾患予防法の開発が期待されています。

（2023年4月時点）